1913. április 24-én született Nagyenyeden. 
Apja, Jékely (író-nevén Áprily) Lajos 1909-től a nevezetes Bethlen Kollégium tanára. A család brassói eredetű, ősei szászok voltak, városbírák, lelkészek, ötvösök kerültek ki közülük. Ükapja városi karmester, dédapja könyvkötő, nagyapja, Jékely János Lajos hányatott életű gyári tisztviselő volt. A családot hajdan Jeckelnek hívták, nevük latinos, humanista változata Jekelius, abból lett a Jékely. Enyedet a 12. században betelepített szászok építették, a 15. századi gótikus vártemploma, középkori várfalai, bástyái, a Bethlen-kastély őrzői sokszázados múltjának. A kollégiumot Bethlen Gábor alapította Gyulafehérváron, 1662-ben Apafi Mihály fejedelem a tatárok feldúlta városból Enyedre költöztette. A Maros-parti Athén kollégiumnak nagynevű tanárai voltak és híres diákjai: Bethlen Miklós, Bolyai Farkas, Körösi Csoma Sándor, Kemény Zsigmond, Barabás Miklós. A történelem Enyedet sem kímélte, hol a tatárok, hol császári csapatok, hol Horia felkelői, hol a havasi románok pusztították el, égették fel iskoláját, múzeumát, könyveit. Trianon után a magyar művelődés egyik központja. Jékely Zoltán költészetének ez az Erdély múltját elevenen őrző városka a fészke. És nemcsak a történelmi múlttal visszhangos város, hanem a táj is, a Maros menti sík, a környező hegyek, a székelyföld. Ott éri a családot az első világháború és Trianon. Jékely az összeomláskor öt és féléves, de kisgyerekként is érzékeli, hogy minden megváltozott, még „az ólomkatonák uniformisa is”. 
1926-ban Kolozsvárra költöznek, Áprily ott már nem csak tanár, hanem nagy tekintélyű irodalomszervező is, szerkesztője az Ellenzék irodalmi mellékletének, Kós Károllyal antológiát állít össze, részt vesz a marosvécsi helikoni íróközösség munkájában, 1928-tól szerkesztője az induló Erdélyi Helikonnak. Jékely Zoltán ott végzi el a gimnázium 4-5-6. osztályát. Kiváló tudós tanárai vannak, apja tanítja magyarra és filozófiára, Jancsó Elemér franciára, a nyelvész Csüry Bálint latinra. Most már nemcsak a magyar, hanem a román irodalmat is megismeri, élete végéig hivatott tolmácsa volt a román költészetnek. A szülői házban naponta találkozhat az erdélyi irodalom nagyjaival, Kuncz Aladárral, Kós Károllyal, Makkai Sándorral, Reményik Sándorral, Tamási Áronnal, Dsida Jenővel, Hunyady Sándorral, Kemény Jánossal. 
1929 nyarán Áprily, fiai jövője érdekében, áttelepül Budapestre. A Lónyai utcai református gimnáziumban kap tanári állást, 1930-tól szerkesztője a Protestáns Szemlének. 1934-től a Baár-Madas református gimnázium igazgatója. Jékely Zoltán 1931-ben érettségizik a Lónyai utcai iskolában. Nyolcadikos korában Apáczai Csere Jánosról írott történelmi elbeszélésével tanulmányi versenyt nyer, munkája meg is jelenik. Felveszik az Eötvös Collegiumba, magyar–francia, művészettörténész szakos, az egyetemen Horváth Jánost, Eckhardt Sándort, a kollégium igazgatóját, Gombocz Zoltánt, a művészettörténész Gerevich Tibort hallgatja. Egyik kollégiumi tanára Gyergyai Albert. Ott már barátai is vannak, Füsi József, Sőtér István, aki majd róla mintázza a kollégiumi életet ábrázoló regénye, a Fellegjárás egyik alakját, Képes Géza és Jankovich Ferenc. Az egyetemen kerül kapcsolatba Rónay Györggyel és Thurzó Gáborral. 1935-ben végez, doktori disszertációja:Az erdélyi magyar irodalom kezdetei a háború után és Kuncz Aladár. Ismerteti az erdélyi irodalom szervezeti formáit, a lapokat, folyóiratokat, a marosvécsi íróközösséget, a magyar irodalmat kiadó Erdélyi Szépmíves Céh munkáját. 1935 decemberétől a Széchényi Könyvtár fizetés nélküli gyakornoka, 1938-tól kinevezett könyvtáros. 
Egyre otthonosabb a hazai szellemi, irodalmi életben, de erdélyi kötődése is megmarad. A harmincas években a kalotaszegi Magyarvalkóra jár nyaralni anyai nagybátyához, ottani élményeit versei, szociográfiai, etnográfiai írásai és Medárdus című regénye őrzik. Húszéves kora körül már érett költő, verseit közli az Erdélyi Helikon, a Napkelet, Ignotus Pál révén kapcsolatba kerül a Szép Szóval, ott is szívesen fogadják, barátságot köt Szerb Antallal, ő egyengeti útját a Válaszhoz, a Nyugathoz. Nem csak verseket, tanulmányokat, kritikákat, műfordításokat is közöl. 1935-ben már elismert költő. 1936-ban megjelent verseskötetét, az Éjszakákat dicséri a kritika, többek közt Szerb Antal és Halász Gábor. 1937-ben kiadja első regényét, az Enyedet idéző Kincskeresőket, 1938-ban a Medárdust, 1940-ben a Zugligetet. 1939-ben jelenik meg a második versgyűjteménye, az Új évezred felé a Cserépfalvi kiadónál, 1943-ban a harmadik, a Mérföldek, esztendők a Franklinnál. 1939-ben már megkapja a Baumgarten-díjat. Első regénye honoráriumából öt hetet tölt Olaszországban, Velencében, Veronában, Firenzében, és akárcsak apja, ő is felfedezi Párizst. 1939 végén Rómában, Dél-Olaszországban jár első feleségével. Otthon érzi magát a latin világban, de közben meg-megújul a honvágya, Erdélyről, Kolozsvárról álmodik. Római naplója, bőven termő lírája tanúsítja, milyen fogékonyan forgott a világban. 
Mikor 1940 őszén a második bécsi döntés Észak-Erdélyt Magyarországhoz csatolta, Jékely visszatért Kolozsvárra. Először 1940 októberében, az Országos Széchényi Könyvtár megbízásából utazott oda harmadmagával, felmérni az ottani könyvtárak állományát. 1941 májusában a kolozsvári Egyetemi Könyvtár munkatársa lett. Az 1872-ben alapított könyvtár visszakerült az újjászerveződő kolozsvári magyar egyetemhez. Visszatalált régi barátai közé, és újakat szerzett. 1941-ben megismerkedett a gyönyörű marosvásárhelyi előadó-művésznővel, Jancsó Adriennel. A hirtelen támadt szerelmet 1942-ben házasság követte. 1943-ban kislányuk, 1945-ben fiuk született. Áprilyék is haza-hazajártak a Küküllő mellett vásárolt faházba. Jékely Zoltán megtalálta helyét az erdélyi magyar irodalmi életben. Legszívesebben az Erdélyi Helikonba ír, verset, tanulmányt, színjátékot. Tagja a fiatal írók munkaközösségének, szerkesztője és munkatársa az évente négyszer megjelenő almanachnak, a Termésnek, de tartja a kapcsolatot az anyaországi irodalommal, változatlanul publikál a Magyar Csillagban is. Egyre jobban nyomasztja a kor, a háború, szorongva gondol családjára, barátaira, rossz előérzetek kínozzák. 1944 októberében szovjet csapatok bevonulnak Kolozsvárra. Észak-Erdély ismét Romániához tartozik. A magyar írók új szervezeti formákat keresnek. A Balogh Edgár szerkesztette Világosság lett az újjászerveződő magyar irodalom legfontosabb fóruma. Irodalmi mellékletét 1944-től Jékely Zoltán szerkesztette. Cikkeiben folyamatosan tudósított az anyaországi és az erdélyi szellemi élet eseményeiről, figyelemmel kísérte a képzőművészetet, a színházi életet is. Megjelenik egy kisregénye és egy kötetnyi elbeszélése. Mégis, az erdélyi irodalmat kezdi szűkösnek érezni. Visszavágyik Budapesten élő szüleihez, barátaihoz. 
1946 novemberében visszaköltözik Magyarországra. A Széchényi Könyvtár hírlaptárában dolgozik 1954-ig. Versei, prózai munkái a Válaszban, a Magyarokban, a Vigiliában jelennek meg. 1948-ban ismét jár Itáliában, de sejtette, hogy újabb utazásra nem egyhamar lesz lehetősége. Álom című, már kinyomtatott, új verseskötetét a nemrég létesült könyvhivatal cenzorai betiltották. Irodalmunk legjobbjaival hallgatásra kényszerült, az írószövetségből kizárták. El-elvonult az Áprily építtette szentgyörgypusztai házba, szenvedélyesen horgászott, járta a természetet. Műfordításból élt, mint sokan mások, de közben, a megjelenés reménye nélkül, gyarapította lírai és prózai életművét.