Bostonban született 1970-ben, három testvére van. 1991 alighanem élete legtragikusabb és legnehezebb éve volt: először gyomorrákban szenvedő édesanyját veszítette el, majd röviddel azután édesapja hunyt el tüdőrákban. Hogy el tudja tartani 8 éves öccsét, Christophert, félbehagyta az újságírószakot, és grafikusként helyezkedett el egy újságnál. Erről az időszakról szól első könyve, A Heartbreaking Work of Staggering Genius, amelyért Pulitzer-díjra jelölték. Néhány évvel később egyik alapítója és szerkesztője a San Franciscó-i McSweeney’s irodalmi folyóiratnak és könyvkiadói társulásnak. 2002-ben többedmagával életre hívta a 826 Valencia elnevezésű nonprofit oktatási központot. 2004-ben Voice of Witness (A tanú hangja) címmel könyvsorozatot indított, melynek célkitűzése, hogy túlélők szóbeli beszámolói alapján fényt derítsen a világban zajló emberjogi válságokra.
2006-ban jelent meg a szudáni polgárháború „elveszett fiúiról” szóló életrajzi regénye, Az elveszett fiú (What is the What). Következő regénye, Az árvízi csónakos (Zeitoun) ugyancsak igaz történetet dolgoz fel: egy szíriai bevándorló kálváriájáról szól, aki szenvedő tanúja volt a Katrina hurrikán pusztításainak és az azt követő időszaknak. 2009-ben jelent meg Maurice Sendak világhírű mesekönyvén alapuló regénye, az Ahol a vadak várnak (Where the Wild Things Are). A történet néhány hónappal később már a mozikban gyűjtött újabb híveket. A film forgatókönyvén Eggers Spike Jonze rendezővel dolgozott együtt. Szintén az ő nevéhez fűződik Sam Mendes 2009-ben bemutatott Továbbállók című filmjének forgatókönyve, melyet feleségével, Vendela Vida írónővel közösen jegyez.
Eddig megjelent művei:
A Heartbreaking Work of Staggering Genius (2000)
You Shall Know Our Velocity (novel, 2002)
How We Are Hungry (2004)
Surviving Justice: America's Wrongfully Convicted and Exonerated (2005)
Animals of the Ocean, In Particular the Giant Squid (2006)
What is the What (2006) – magyarul: Az elveszett fiú (2009)
The Wild Things (2009) – magyarul: Ahol a vadak várnak (2010)
Zeitoun (2009) – magyarul: Az árvízi csónakos (2011)
